Seperti yang telah disebutkan di atas, jika pajak sebagai pemenuhan kewajiban sebagai warga Negara yang baik, maka zakat adalah pemenuhan kewajiban yang diwajibkan terhadap umat manusia yang beragama Islam dan telah mencapai kemampuan yang sudah ditentukan sebagai ketentuan zakat, baik dari jenis harta, orang yang diwajibkan (muzakki) nisab harta, sampai kepada tahap orang yang berhak menerima (mustahiq). Zakat yang diwajibkan terhadap umat muslim yang termasuk dalam kategori tanpa terkecuali dipercaya sebagai cara yang diperintah sang Ilahi untuk mensucikan harta yang diperoleh. Dalam Islam disebutkan bahwa disetiap harta atau kekayaan yang kita miliki ada rezeki orang lain yang dititipkan di rezeki kita, sehingga kita diwajibkan mensucikan harta tersebut dengan cara menunaikan zakat agar harta orang lain tersebut dapat disalurkan dengan semestinya.
Berbeda dengan pajak, zakat merupakan perintah dari sang khaliq yang dibebankan kepada hambanya, segala ketentuan yang telah ditetapkan mulai dari siapa, apa, bagaimana, untik siapa, sampai ke pengecualiannya sudah diatur dan tidak dapat dinegosiasikan lagi. Adapun pajak merupakan beban yang ditetapkan Negara dan yang membuat kebijakan tersebut adalah manusia, sehingga dalam menetapkan kebijakan dapat dinegosiasikan kembali untuk kemaslahatan bersam dan kebijakan suatu lainnya.
Secara regulasinya, Indonesia telah mengatur aturan tentang zakat dan pajak dalam Undang-Undang, yaitu UU No 23 tahu 2011 tentang Pengelolaan Zakat dan UU No. 36 tahun 2000 tentang Perubahan Ketiga UU No. 7 tahun 1983 tentang Pajak Penghasilan. Melalui UU tersebut pemerintah Indonesia sedari dulu telah membuat kebijakan tentang mengharmonisasikan pajak dan zakat secara bersamaan.
Harmonisasi zakat dan pajak ini dilakukan dengan cara memposisikan zakat sebagai pengurang dari Pendapatan Kena Pajak (PKP) selama zakat tersebut ditunaikan di lembaga resmi dan terdaftar, seperti Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS), Lembaga Amil Zakat (LAZ), dan Baitul Mal (jika itu di Aceh). Pengurang atas PKP tersebut diamanahkan dalam pasal 14 ayat (3) UU No. 38 tahun 1999 tentang Pengelolaan Zakat yang memberikan kelonggaran atas pajak agar masyarakat tidak merasa membayar pajak ganda (double taxation), sehingga dikurangilah dari laba atau sisa penghasilan kena pajak. Pelaksanaan pengurangan PKP dari zakat seperti ini menetapkan posisi zakat di pengurang pajak bruto (tax deductible).
Namun demikian, Aceh yang merupakan provinsi yang memiliki kekhususan melalui UU No. 11 tahun 2006 tentang Pemerintah Aceh, pada pasal (192) menyebutkan bahwa zakat merupakan pengurang atas pajak penghasilan terutang wajib pajak atau juga dikenal sebagai tax credit. Akan tetapi pasal tersebut sampai saat ini tidak dapat direalisasikan karena dari kekhususan yang diberikan untuk provinsi Aceh tidak termasuk kebijakan fiskal, sehingga mengaharuskan Aceh untuk mengikuti UU Perpajakan dan UU Pengelolaan Zakat.
Jika kita berkaca ke beberapa Negara lainnya, seperti Yordania, Sudan, Pakistan, Arab Saudi, Kuwait, Mesir, dan Malaysia merupakan Negara-negara yang sudah menetapkan praktik tax credit. Akan tetapi dari dari Negara-negara tersebut hanya Pakistan, Arab Saudi, Kuwait, dan Malaysia yang benar dan mantap menempatkan zakat sebagai faktor pengurang pajak penghasilan langsung bukan pengurang penghasilan kena pajak.
Indonesia sebagai Negara dengan jumlah penduduk muslim terbesar di dunia seyogianya ikut menetapkan praktik zakat sebagai faktor pengurang pajak penghasilan
